| MirGeneDB ID | Sha-Novel-6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | SHA-NOVEL-6 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sha-mir-340 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Novel-6-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. harrisii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | S. harrisii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL834730.1: 741073-741129 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-6-v2) |
Novel-6-v1
GL834730.1: 741072-741130 [-]
UCSC
Ensembl
Novel-6-v2 GL834730.1: 741073-741129 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Sha-Novel-6-v2 |
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| Seed | CAGUCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACUGGAGAUCUUUAAGAUACAGGGUGUGACUAUAAAGUAAUGAGACUGGUGUUUGUGUGCAGGAUCAGUCUCAUUACUUUAUAGUCAUGCCUUGUAUAUGCUCAUCCUUCAUACUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GACUGGAGAUCUUUAAG--| GUUUGU AUACAGGGUGUGACUAUAAAGUAAUGAGACUGGU \ UAUGUUCCGUACUGAUAUUUCAUUACUCUGACUA G GUCAUACUUCCUACUCGUA^ GGACGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | This was previously called Mir-340. Note that the reverse complement is given in miRBase as the 5' ends of the arms are palindromic but in this orientation the 3' ends correspond to the processed miRNAs. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sha-Novel-6-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUAUAAAGUAAUGAGACUGGUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Sha-Novel-6-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0022775 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UCAGUCUCAUUACUUUAUAGUC -57
Get sequence
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| Variant | Sha-Novel-6-v1 |
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| Seed | CUAUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGACUGGAGAUCUUUAAGAUACAGGGUGUGACUAUAAAGUAAUGAGACUGGUGUUUGUGUGCAGGAUCAGUCUCAUUACUUUAUAGUCAUGCCUUGUAUAUGCUCAUCCUUCAUACUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50
UGACUGGAGAUCUUUAAG--| GUUUGU
AUACAGGGUGUGACUAUAAAGUAAUGAGACUGGU \
UAUGUUCCGUACUGAUAUUUCAUUACUCUGACUA G
AGUCAUACUUCCUACUCGUA^ GGACGU
110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | This was previously called Mir-340. Note that the reverse complement is given in miRBase as the 5' ends of the arms are palindromic but in this orientation the 3' ends correspond to the processed miRNAs. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sha-Novel-6-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUAUAAAGUAAUGAGACUGGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Sha-Novel-6-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0022775 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAGUCUCAUUACUUUAUAGUCA -59
Get sequence
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