MirGeneDB ID | Sha-Mir-7385-o1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-7385 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sha-Mir-7385-o1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Mdo-Mir-7385-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. harrisii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (DEVIL_add) |
GL867759.1: 17134-17192 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7385-o1b) |
Mir-7385-o1b
GL867759.1: 17134-17192 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-7385-o1a GL867759.1: 17410-17468 [-] UCSC Ensembl |
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Seed | AACUUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAAAAUGAUCAAUACCCCAAGCCCCAUUUAGGUCCGAUAGUCUAUCUUUCUAUGAUAUACAACCUGAAACUUAGUCUAUCGGAUCUAGAAGUGUCCUUUGGCUCUCAACUUUCAUCAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UUAAAAUGAUCAAUACCC CCC --| U UC UAUGAUA CAAG CAU UUAGGUCCGAUAG CUA UUUC \ GUUU GUG GAUCUAGGCUAUC GAU AAAG U GACUACUUUCAACUCUCG CCU AA^ U UC UCCAACA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sha-Mir-7385-o1b_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGUCCGAUAGUCUAUCUUUCU -22
Get sequence
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Mature sequence | Sha-Mir-7385-o1b_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AAACUUAGUCUAUCGGAUCUAG -59
Get sequence
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