| MirGeneDB ID | Sha-Mir-12366 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12366 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Mdo-Mir-12366-v1 Neu-Mir-12366-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL864869.1: 2267881-2267936 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12366-v1) |
Mir-12366-v1
GL864869.1: 2267881-2267936 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-12366-v2 GL864869.1: 2267881-2267936 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Sha-Mir-12366-v1 |
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| Seed | UCAAAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAGAAGUGCACCAGAUUCUAAGGUCCCUUCCAGCUCUGACAUUCUAUGAUCUACGUACACAGGAUCAAAGGAUUCAGAACUGGAUAGAAUCUUAGGGAGAGCAUCUGAGAAGCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAAGAAGUGCACCAGAU--| CCCU C C A ACGU UCUAAGGU UCCAG UCUGA AUUCU UGAUCU \ GGAUUCUA AGGUC AGACU UAGGA ACUAGG A GACGAAGAGUCUACGAGAG^ AGAU A - A ACAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sha-Mir-12366-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCAGCUCUGACAUUCUAUGAUCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Sha-Mir-12366-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- AUCAAAGGAUUCAGAACUGGAU -56
Get sequence
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| Variant | Sha-Mir-12366-v2 |
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| Seed | CAAAGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAGAAGUGCACCAGAUUCUAAGGUCCCUUCCAGCUCUGACAUUCUAUGAUCUACGUACACAGGAUCAAAGGAUUCAGAACUGGAUAGAAUCUUAGGGAGAGCAUCUGAGAAGCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAAGAAGUGCACCAGAU--| CCCU C C A UACGU UCUAAGGU UCCAG UCUGA AUUCU UGAUC \ GGAUUCUA AGGUC AGACU UAGGA ACUAG A GACGAAGAGUCUACGAGAG^ AGAU A - A GACAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sha-Mir-12366-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCAGCUCUGACAUUCUAUGAUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Sha-Mir-12366-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UCAAAGGAUUCAGAACUGGAU -56
Get sequence
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