| MirGeneDB ID | Sha-Mir-12358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12358 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Mdo-Mir-12358-v1 Neu-Mir-12358-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL849765.1: 1285711-1285771 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12358-v1) |
Mir-12358-v2
GL849765.1: 1285710-1285772 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-12358-v1 GL849765.1: 1285711-1285771 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Sha-Mir-12358-v1 |
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| Seed | ACCGAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGACAUGAAUGGUCCUGGAGGGUGCACCCAUACCGAUGAGCUCACAGAUCUAUUAUGCCAUGCUUUAAAGAUCUAUGAUUUCGUCGGUGUGAGUAUUCCUUCUACCAUCACCGGUUACGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGACAUGAAUGGUCCUG--| UGC C C C AUUAUGCC GAGGG AC CAUACCGAUGAG UCA AGAUCU \ CUUCC UG GUGUGGCUGCUU AGU UCUAGA A CGGCAUUGGCCACUACCAU^ UUA A U A AAUUUCGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sha-Mir-12358-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACCGAUGAGCUCACAGAUCU -21
Get sequence
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| Star sequence | Sha-Mir-12358-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AUCUAUGAUUUCGUCGGUGUG -61
Get sequence
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| Variant | Sha-Mir-12358-v2 |
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| Seed | UACCGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGACAUGAAUGGUCCUGGAGGGUGCACCCAUACCGAUGAGCUCACAGAUCUAUUAUGCCAUGCUUUAAAGAUCUAUGAUUUCGUCGGUGUGAGUAUUCCUUCUACCAUCACCGGUUACGGCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGACAUGAAUGGUCCU--| UGC C C C AUUAUGCC GGAGGG AC CAUACCGAUGAG UCA AGAUCU \ UCUUCC UG GUGUGGCUGCUU AGU UCUAGA A GCGGCAUUGGCCACUACCA^ UUA A U A AAUUUCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sha-Mir-12358-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUACCGAUGAGCUCACAGAUCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Sha-Mir-12358-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AUCUAUGAUUUCGUCGGUGUGA -63
Get sequence
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