| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-12358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12358 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-12358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Neu-Mir-12358-v1 Sha-Mir-12358-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
4: 395872534-395872594 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12358-v1) |
Mir-12358-v2
4: 395872533-395872595 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-12358-v1 4: 395872534-395872594 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mdo-Mir-12358-v1 |
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| Seed | ACCGAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUGAGCUGCACCAACGGAGGGUGCACCCAUACCGAUGUGCUCUCAGAUCUAGUAUGUCAUGUUUUAAAGAUCUAUGAUUUCAUCGGUGUGAGUAUUCUCUCUACCAUCACCGGUUCCAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUGAGCUGCACCAACG----| ACC UGC UC AGUAUGUC GAGGGUGC CAUACCGAUG UC AGAUCU \ CUCUUAUG GUGUGGCUAC AG UCUAGA A CAACCUUGGCCACUACCAUCU^ A-- UUU UA AAUUUUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-12358-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0050271 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACCGAUGUGCUCUCAGAUCU -21
Get sequence
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| Star sequence | Mdo-Mir-12358-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0050272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AUCUAUGAUUUCAUCGGUGUG -61
Get sequence
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| Variant | Mdo-Mir-12358-v2 |
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| Seed | UACCGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGUGAGCUGCACCAACGGAGGGUGCACCCAUACCGAUGUGCUCUCAGAUCUAGUAUGUCAUGUUUUAAAGAUCUAUGAUUUCAUCGGUGUGAGUAUUCUCUCUACCAUCACCGGUUCCAACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUGUGAGCUGCACCAAC----| ACC UGC UC AGUAUGUC GGAGGGUGC CAUACCGAUG UC AGAUCU \ UCUCUUAUG GUGUGGCUAC AG UCUAGA A ACAACCUUGGCCACUACCAUC^ A-- UUU UA AAUUUUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-12358-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0050271 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUACCGAUGUGCUCUCAGAUCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Mdo-Mir-12358-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0050272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AUCUAUGAUUUCAUCGGUGUGA -63
Get sequence
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