| MirGeneDB ID | Rph-Mir-87-o19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Rph-Mir-87-o20 Rph-Mir-87-o21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-87 Sne-Mir-87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | R. philippinarum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Ruditapes_GCA_009026015) |
CM018532.1: 24178980-24179040 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-87-o19) |
Mir-87-o21
CM018532.1: 24177000-24177060 [-]
Ensembl
Mir-87-o20 CM018532.1: 24178272-24178331 [-] Ensembl Mir-87-o19 CM018532.1: 24178980-24179040 [-] Ensembl |
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| Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCACAUUUGGCUGGAAGUCAUGAGUGUGGUGUGCCUGUUAUUUUGUCUCAAGCCUGUGUAAUUUCUAGGUGAGCAAAGUUUCAGGUGUCACACUUGUGAUGAUUUACAUCUGGAGAUGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGCACAUUUGGCUGGAA---| UG GU UG UU U AGCCUGUGU GUCA AGUGUG G CCUG AUUUUG CUCA \ UAGU UCACAC U GGAC UGAAAC GAGU A AAGUAGAGGUCUACAUUUAG^ GU -- GU UU - GGAUCUUUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Rph-Mir-87-o19_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUGCCUGUUAUUUUGUCUCAAGC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Rph-Mir-87-o19_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GUGAGCAAAGUUUCAGGUGUCA -61
Get sequence
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