| MirGeneDB ID | Rph-Mir-12612 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12612 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Heteroconchia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Heteroconchia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Ruditapes_GCA_009026015) |
QUSP01001701.1: 75448-75505 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12612) |
Mir-12610-v1
QUSP01001701.1: 75446-75503 [-]
Ensembl
Mir-12610-v2 QUSP01001701.1: 75446-75503 [-] Ensembl Mir-12612 QUSP01001701.1: 75448-75505 [+] Ensembl |
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| Seed | CUACCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGACGUAUGUUGUAUAUGACGGUUGUACGUCGUUGUUAUCACAGAUAUAGUGACGCUGAUUACACUCUACCUGUGUCAACAGCGACAUUUGCCCGUUUCUCUGACGUGUUCCAUUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUGACGUAUGUUGUAUAU--| UU UAC AU A U GACGC GACGG G GUCGUUGUU CACAG UA AGU U UUGCC U CAGCGACAA GUGUC AU UCA G ACUUACCUUGUGCAGUCUCU^ CG UUA CU C C CAUUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Rph-Mir-12612_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGUUGUUAUCACAGAUAUAGU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Rph-Mir-12612_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UCUACCUGUGUCAACAGCGACA -58
Get sequence
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