| MirGeneDB ID | Rph-Mir-12610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12610 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Rph-Mir-12610-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Heteroconchia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Heteroconchia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Ruditapes_GCA_009026015) |
QUSP01001701.1: 75446-75503 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12610-v2) |
Mir-12610-v1
QUSP01001701.1: 75446-75503 [-]
Ensembl
Mir-12610-v2 QUSP01001701.1: 75446-75503 [-] Ensembl Mir-12612 QUSP01001701.1: 75448-75505 [+] Ensembl |
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| Variant | Rph-Mir-12610-v2 |
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| Seed | CGCUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUGGAACACGUCAGAGAAACGGGCAAAUGUCGCUGUUGACACAGGUAGAGUGUAAUCAGCGUCACUAUAUCUGUGAUAACAACGACGUACAACCGUCAUAUACAACAUACGUCAUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAUGGAACACGUCAGAGAA--| GCAA C A G UAAU ACGG AUGUCG UGUUG CACAGGUA AGUG C UGCC UGCAGC ACAAU GUGUCUAU UCAC A UAUACUGCAUACAACAUAUAC^ AACA A A A UGCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Rph-Mir-12610-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGCUGUUGACACAGGUAGAGUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Rph-Mir-12610-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CUAUAUCUGUGAUAACAACGACG -58
Get sequence
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| Variant | Rph-Mir-12610-v1 |
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| Seed | AUAUCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUGGAACACGUCAGAGAAACGGGCAAAUGUCGCUGUUGACACAGGUAGAGUGUAAUCAGCGUCACUAUAUCUGUGAUAACAACGACGUACAACCGUCAUAUACAACAUACGUCAUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAUGGAACACGUCAGAGAA--| GCAA C A G GUAAU ACGG AUGUCG UGUUG CACAGGUA AGU C UGCC UGCAGC ACAAU GUGUCUAU UCA A UAUACUGCAUACAACAUAUAC^ AACA A A A CUGCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Rph-Mir-12610-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGCUGUUGACACAGGUAGAGU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Rph-Mir-12610-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAUAUCUGUGAUAACAACGACG -58
Get sequence
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