MirGeneDB ID | Pma-Mir-4543 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4543 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-4543 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ebu-Mir-4543 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Cyclostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Cyclostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046098.1: 11451420-11451481 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUAGGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UACAAAUGUGCCCGCUUGGAUGCACCUGUUUAUAGGUCUGUGUUGUGAUGUGCGAUGUUUACAAUGCUCCACUUCACACACUGCCCUAUUGACAAUGGCAGCCACUCUCGCCUGCCAUGGAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UACAAAUGUGCCCGCUU--| A ACC U UCU U U CGAUGUUU GG UGC UGUU AUAGG GUGU GUGA GUG \ CC ACG ACAG UAUCC CACA CACU CAC A GAGGUACCGUCCGCUCUCA^ G GUA U CGU - U CUCGUAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pma-Mir-4543_5p |
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mirBase accession | MIMAT0019572 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUAGGUCUGUGUUGUGAUGUGC -23
Get sequence
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Star sequence | Pma-Mir-4543_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- ACUUCACACACUGCCCUAUUGA -62
Get sequence
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