MirGeneDB ID | Pma-Mir-218-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-218 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-218a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-218-o2 Pma-Mir-218-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046098.1: 3240022-3240078 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGAUCCCAGAAAGACGGCCGUCCCUGCCUUGUGCUUGAUCUAACCAUGUGCUGCCCCAAACAACAUGGUUUGUUCAUGCACCAGGUAGAGGCAUGCCCUUUCUUCCUCCAGGCGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GAAGAUCCCAGAAAGAC- C-| C U U UCU GCUGCC GGC GUC CUGCCU GUGC UGA AACCAUGU \ CCG CGG GAUGGA CACG ACU UUGGUACA C GGCGGACCUCCUUCUUUC UA^ A C U UGU ACAAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pma-Mir-218-o1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0019529 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGUGCUUGAUCUAACCAUGUG -22
Get sequence
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Star sequence | Pma-Mir-218-o1_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0019530 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- CAUGGUUUGUUCAUGCACCAGG -57
Get sequence
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