| MirGeneDB ID | Pfl-Mir-4830-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4830 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Ptychodera (Ptychodera flava) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pfl-Mir-4830-P5 Pfl-Mir-4830-P6 Pfl-Mir-4830-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. flava | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pfl) |
LD353158.1: 289927-289988 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4830-P7) |
Mir-4830-P8
LD353158.1: 289427-289486 [-]
Mir-4830-P7 LD353158.1: 289927-289988 [-] Mir-4830-P6 LD353158.1: 294064-294125 [-] Mir-4830-P5 LD353158.1: 295072-295133 [-] Mir-71 LD353158.1: 300398-300457 [-] |
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| Seed | CUCUUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAGGUAGAAAACCCCUAGGCCGGCUGGAGUCUCUUGAGAGCCAUAUGGAGGAUGUUUUCUUAACAUCUCCUCCCUAUGCUUUCAUGAGUCUUCAGUAGGUCACAUCUUCAACUUGGUUUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACAGGUAGAAAACCCCUA--| G U U C U UGUUUUC GGCC GCUGGAG CUC UGAGAGC AUA GGAGGA \ CUGG UGACUUC GAG ACUUUCG UAU CCUCCU U UUUUUGGUUCAACUUCUACA^ A U U - C CUACAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pfl-Mir-4830-P7_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUCUUGAGAGCCAUAUGGAGGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Pfl-Mir-4830-P7_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CUCCCUAUGCUUUCAUGAGUCU -62
Get sequence
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