MirGeneDB ID | Pfl-Mir-2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2012 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Ptychodera (Ptychodera flava) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Pmi-Mir-2012 Sko-Mir-2012 Spu-Mir-2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Ambulacraria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Ambulacraria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Pfl) |
LD344014.1: 121392-121453 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCCACGAUUAUCAUUUAUAUCUUACCCAGUAGUACUGGCAUAUGGACAUUGGUAUGCAUUGAAACCCCAGUGUUCAUAUUCCAGUACAGCCAGGUGAGGUAUCAUAAGCGCACACAUCCAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCCACGAUUAUCAUUU--| CA A C GUAUGCA AUAUCUUACC GU GUACUGG AUAUGGACAUUG U UAUGGAGUGG CG CAUGACC UAUACUUGUGAC U GACCUACACACGCGAAUAC^ AC A U CCCAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pfl-Mir-2012_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGUACUGGCAUAUGGACAUUG -22
Get sequence
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Star sequence | Pfl-Mir-2012_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- GUGUUCAUAUUCCAGUACAGCC -62
Get sequence
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