| MirGeneDB ID | Pfl-Mir-193-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Ptychodera (Ptychodera flava) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pfl-Mir-193-P1d Pfl-Mir-193-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-193-P1 Aga-Mir-193-P1 Bge-Mir-193-P1 Cbr-Mir-193-P1-v1 Cel-Mir-193-P1-v1 Cte-Mir-193-P1 Dan-Mir-193-P1-v1 Dgr-Mir-193-P1 Dlo-Mir-193-P1 Dma-Mir-193-P1 Dme-Mir-193-P1-v1 Dmo-Mir-193-P1-v1 Dpu-Mir-193-P1 Dsi-Mir-193-P1-v1 Dya-Mir-193-P1-v1 Eba-Mir-193-P1 Esc-Mir-193-P1 Gpa-Mir-193-P1 Hme-Mir-193-P1 Hru-Mir-193-P1 Isc-Mir-193-P1 Lgi-Mir-193-P1 Lhy-Mir-193-P1 Mgi-Mir-193-P1 Mom-Mir-193-P1 Npo-Mir-193-P1 Obi-Mir-193-P1 Ofu-Mir-193-P1 Ovu-Mir-193-P1 Pau-Mir-193-P1 Pcr-Mir-193-P1 Pma-Mir-193-P1 Pmi-Mir-193-P1 Pve-Mir-193-P1 Rph-Mir-193-P1 Sko-Mir-193-P1c Snu-Mir-193-P1 Tca-Mir-193-P1 War-Mir-193-P1 Xbo-Mir-193-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pfl) |
LD349275.1: 115030-115089 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P1c) |
Mir-193-P1c
LD349275.1: 115030-115089 [+]
Mir-193-P1d LD349275.1: 115517-115576 [+] Mir-193-P2 LD349275.1: 117222-117282 [+] |
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| Seed | ACUGGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGGUCCGUCACGGGAUGUCAGUGUCGGCGCGGGGUUUUAUAGUUCAGUUUAGUGACAUCGAUAUUAAAACUGGCCUGUAAAGUCCCGCUCUGAUUUUGACCGAGUCGACAGCAUAGACGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUGGUCCGUCACGGGAU--| U C GU UU AGUGACA GUCAG GUCGG GCGGG UUUAUAG CAGUUU U CAGUU UAGUC CGCCC AAAUGUC GUCAAA C GCAGAUACGACAGCUGAGC^ U U UG CG AUUAUAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pfl-Mir-193-P1c_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGGUUUUAUAGUUCAGUUUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pfl-Mir-193-P1c_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AACUGGCCUGUAAAGUCCCGCU -60
Get sequence
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