| MirGeneDB ID | Pab-Mir-556 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-556 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-556-P1 Cja-Mir-556-P2 Hsa-Mir-556 Mml-Mir-556 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054679.2: 87899358-87899417 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUAGGAGUUCAUGAAGAUAGUGAUAAGAAAGAUGAGCUCAUUGUAAUAUGAGCUUCAUUUAUGCAUUUCAUAUUACAAUUAGCUCAUCUUUUUUAUGACUACCUUCAACAAGGCCUUCUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUAGGAGUUCAUGAAGA--| G C GCUUCAU UAGU AUAAGAAAGAUGAGCU AUUGUAAUAUGA U AUCA UAUUUUUUCUACUCGA UAACAUUAUACU U AUCUUCCGGAACAACUUCC^ G U UUACGUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-556_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAUGAGCUCAUUGUAAUAUGA -21
Get sequence
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| Co-mature sequence | Pab-Mir-556_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUAUUACAAUUAGCUCAUCUU -60
Get sequence
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