MirGeneDB ID | Pab-Mir-4677 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4677 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-4677 Hsa-Mir-4677 Mml-Mir-4677 Mmr-Mir-4677 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Primates | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Primates | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054679.2: 5769914-5769972 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUGUGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUGGAUGAUUUGGAGUAGCAAAGCAGCAAUUGUUCUUUGGUCUUUCAGCCAUGACCUGACCUUCUGUCUGUGAGACCAAAGAACUACUUUGCUUGGCCACCAUCUGCACUCAAGAGAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CAUGGAUGAUUUGGAGUA---| A CAAUU U C UGACCU GC AAGCAG GUUCUUUGGUCUU CAG CA \ CG UUCGUU CAAGAAACCAGAG GUC GU G GAGAGAACUCACGUCUACCAC^ G UCAU- U U CUUCCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pab-Mir-4677_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGUUCUUUGGUCUUUCAGCCA -22
Get sequence
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Mature sequence | Pab-Mir-4677_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UCUGUGAGACCAAAGAACUACU -59
Get sequence
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