MirGeneDB ID | Cja-Mir-4677 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4677 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Hsa-Mir-4677 Mml-Mir-4677 Mmr-Mir-4677 Pab-Mir-4677 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Primates | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Primates | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021933.1: 39082517-39082575 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUGUAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUGGAUGAUUUGGAGUAGCAAAGCAGCAAUUGUUCUUUGGUCUUUCAGCCAUGACCUGACCUUCUGUCUGUAAGACCAAAGAACUACUUUGCUUGGCCACCAUCUGCACUCAAGAGAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CAUGGAUGAUUUGGAGUA---| A CAAUU U C UGACCU GC AAGCAG GUUCUUUGGUCUU CAG CA \ CG UUCGUU CAAGAAACCAGAA GUC GU G GAGAGAACUCACGUCUACCAC^ G UCAU- U U CUUCCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cja-Mir-4677_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGUUCUUUGGUCUUUCAGCCA -22
Get sequence
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Mature sequence | Cja-Mir-4677_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UCUGUAAGACCAAAGAACUACU -59
Get sequence
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