MirGeneDB ID | Pab-Mir-325 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-325 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-325 Eca-Mir-325 Hsa-Mir-325 Laf-Mir-325 Mdo-Mir-325 Mml-Mir-325 Mmr-Mir-325 Mmu-Mir-325 Ocu-Mir-325 Rno-Mir-325 Sha-Mir-325 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054702.2: 81913495-81913554 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUAUUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGUCCACAGAACCAAUACAGUGCUUGGUUCCUAGUAGGUGUCCAGUAAGUGUUUGUGACGUAAUUUGCUUAUUGAGGACCUCCUAUCAAUCAAGCACUGUGCUAGGCUCUGGGACUACAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AAGUCCACAGAACCAAU--| CC U G - UUUGUG ACAGUGCUUGGUU UAG AGGU UC CAGUAAGUG A UGUCACGAACUAA AUC UCCA GG GUUAUUCGU C ACAUCAGGGUCUCGGAUCG^ CU C - A UUAAUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pab-Mir-325_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCUAGUAGGUGUCCAGUAAGUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Pab-Mir-325_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CUUAUUGAGGACCUCCUAUCAA -60
Get sequence
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