MirGeneDB ID | Pab-Mir-320-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-320 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pab-Mir-320-P1 Pab-Mir-320-P2a Pab-Mir-320-P2b Pab-Mir-320-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-320 Cpo-Mir-320 Dno-Mir-320 Eca-Mir-320 Ete-Mir-320 Hsa-Mir-320-P4 Laf-Mir-320 Mml-Mir-320-P4 Mmu-Mir-320 Ocu-Mir-320 Rno-Mir-320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Catarrhini | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054696.2: 38534660-38534713 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGGUAUGUACGAAUAAAAUGGCAUGACAGGCCUUCUCUUUCCAGUUCUUUCCAGAAUUGGGAAAAGCUGGGUUGAGAGGGUAAGAAAAGAAAAACAAAUAAAUUUUUUAAAAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UGGGUAUGUACGAAUAAAAUGGCAUGACAG--| UU C CAG GCCUUCUC UCCAGUU UUUC A UGGGAGAG GGGUCGA AAGG A AAAAAUUUUUUAAAUAAACAAAAAGAAAAGAA^ UU A GUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | As a non-canonical (Group 3, Kim et al. 2016) Drosha-independent 5' capped miRNA few star reads are cloned and sequenced. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pab-Mir-320-P4_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCCUUCUCUUUCCAGUUCUUUC -22
Get sequence
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Mature sequence | Pab-Mir-320-P4_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
32- AAAAGCUGGGUUGAGAGGGUAA -54
Get sequence
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