| MirGeneDB ID | Pab-Mir-3173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3173 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-3173 Hsa-Mir-3173 Mml-Mir-3173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054694.2: 99541046-99541106 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCCCUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGUCUUUGUUGGUCUUGGGCCAGCUUCCCUGCCCUGCCUGUUUUCUCCUUUGUGAUUUUAUGAGAGCAAAGGAGGAAACAGGCAGGCCAGGGAAAUGCUCUCUCUCUCCCUCUCUUGAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGUCUUUGUUGGUCUU---| CAGC C UGAUUU GGGC UUCCCUG CCUGCCUGUUUUCUCCUUUG U CUCG AAGGGAC GGACGGACAAAGGAGGAAAC A CGAGUUCUCUCCCUCUCUCU^ UA-- C GAGAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-3173_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCCUGCCUGUUUUCUCCUUUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-3173_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AAGGAGGAAACAGGCAGGCCAG -61
Get sequence
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