MirGeneDB ID | Pab-Mir-3140 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3140 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-3140 Hsa-Mir-3140 Mml-Mir-3140 Mmr-Mir-3140 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Primates | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Primates | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054682.2: 174362592-174362660 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCUUUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAAGCCUACCAUUUAUGUCCUCUUGAGGUACCUGAAUUACCAAAAGCUUUAUGUAUUCUGAAGUUAUUGAAAAUAAGAGCUUUUGGGAAUUCAGGUAGUUCAGGAGUGACUUUUCUAAAAAACAGACCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GGAAGCCUACCAUUUAU- -| G A AUGUAUUCUGAA GUC CUCUUGAG UACCUGAAUU CCAAAAGCUUU \ CAG GAGGACUU AUGGACUUAA GGUUUUCGAGA G CCAGACAAAAAAUCUUUU U^ G G AUAAAAGUUAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pab-Mir-3140_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACCUGAAUUACCAAAAGCUUU -21
Get sequence
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Mature sequence | Pab-Mir-3140_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
48- AGCUUUUGGGAAUUCAGGUAG -69
Get sequence
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