| MirGeneDB ID | Pab-Mir-105-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-105 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-105-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-105-P2 Cfa-Mir-105-P2 Cja-Mir-105-P2 Eca-Mir-105-P2 Hsa-Mir-105-P2 Mml-Mir-105-P2 Mmr-Mir-105-P2 Ocu-Mir-105-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054702.2: 158891203-158891261 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-105-P2) |
Mir-105-P2
CM054702.2: 158891203-158891261 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-105-P1 CM054702.2: 158893390-158893448 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | CAAAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUGUUGCAGAACCUGAGUGUGCAUCGUGGUCAAAUGCUCAGACUCCUGUGGUGGCUGCUCAUGCACCACGGAUGUUUGAGCAUGUGCUACGGUGUCUACUUUUGCUACCUUGCUGUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUGUUGCAGAACCUGA--| U U A UC GCUG GUG GCAUCGUGG CA AUGCUCAGAC CUGUGGUG C CAU UGUGGCAUC GU UACGAGUUUG GGCACCAC U UCUGUCGUUCCAUCGUUUU^ C - G UA GUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-105-P2_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAAAUGCUCAGACUCCUGUGGUG -24
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-105-P2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CCACGGAUGUUUGAGCAUGUGCU -59
Get sequence
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