| MirGeneDB ID | Obi-Mir-12522 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-12522 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | California two-spot octopus (Octopus bimaculoides) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Esc-Mir-12522-v1 Ovu-Mir-12522-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (PRJNA270931_OBI) |
KQ415759: 381806-381865 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12522-v1) |
Mir-12522-v1
KQ415759: 381806-381865 [-]
Ensembl
Mir-12522-v2 KQ415759: 381807-381864 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Obi-Mir-12522-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUUUCUCAGAAGAUCGAGGACUCCUGUACCCCGUGUAACAGUUCUGAGACCUAGAAUAUAAGACGAGGUUUAAGACUGUCCCACGGGCUAAAGGAAUCUAUUUAGCAGCACGAGACCUAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCUUUCUCAGAAGAUCGA--| C G C UA U G UAGAAUA GGA UCCU UA CCCGUG ACAGU CU AGACC \ UCU AGGA AU GGGCAC UGUCA GA UUUGG U AUCCAGAGCACGACGAUUUA^ A A C CC - A AGCAGAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Obi-Mir-12522-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCGUGUAACAGUUCUGAGACC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Obi-Mir-12522-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UUUAAGACUGUCCCACGGGCU -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Obi-Mir-12522-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUUAAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUUCUCAGAAGAUCGAGGACUCCUGUACCCCGUGUAACAGUUCUGAGACCUAGAAUAUAAGACGAGGUUUAAGACUGUCCCACGGGCUAAAGGAAUCUAUUUAGCAGCACGAGACCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUUUCUCAGAAGAUCGA--| C G C UA U G AGAAUA GGA UCCU UA CCCGUG ACAGU CU AGACCU \ UCU AGGA AU GGGCAC UGUCA GA UUUGGA U UCCAGAGCACGACGAUUUA^ A A C CC - A GCAGAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Obi-Mir-12522-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCGUGUAACAGUUCUGAGACCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Obi-Mir-12522-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUUUAAGACUGUCCCACGGGC -58
Get sequence
|
