| MirGeneDB ID | Obi-Mir-12521 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12521 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | California two-spot octopus (Octopus bimaculoides) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Esc-Mir-12521-v1 Ovu-Mir-12521-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (PRJNA270931_OBI) |
KQ432289: 1359-1420 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12521-v1) |
Mir-12521-v1
KQ432289: 1359-1420 [-]
Ensembl
Mir-12521-v2 KQ432289: 1359-1420 [-] Ensembl Mir-12521-v3 KQ432289: 1359-1420 [-] Ensembl |
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| Variant | Obi-Mir-12521-v1 |
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| Seed | UUAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAGAAGAUUAGAGUACAAUUCCGAUCGUUAGCUGGUUAUGUGAACUAAGAUUCAUUUCCUUAUCAAAUAUUUAGUGCACAUAACUGGCUGAUGAAUAGAAUUUGUUAUCGUCUCGGAAAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAGAAGAUUAGAGUAC--| CGA UG A AUUCAUUUC AAUUC UCGUUAGC GUUAUGUG ACUAAG C UUAAG AGUAGUCG CAAUACAC UGAUUU U CUAAAGGCUCUGCUAUUGU^ AUA GU G AUAAACUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Obi-Mir-12521-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGUUAUGUGAACUAAGAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Obi-Mir-12521-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UUUAGUGCACAUAACUGGCUGA -62
Get sequence
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| Variant | Obi-Mir-12521-v2 |
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| Seed | UUUAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAGAAGAUUAGAGUACAAUUCCGAUCGUUAGCUGGUUAUGUGAACUAAGAUUCAUUUCCUUAUCAAAUAUUUAGUGCACAUAACUGGCUGAUGAAUAGAAUUUGUUAUCGUCUCGGAAAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAAGAAGAUUAGAGUAC-- CGA UG A -| CAUUUC AAUUC UCGUUAGC GUUAUGUG ACUAAG AUU \ UUAAG AGUAGUCG CAAUACAC UGAUUU UAA C CUAAAGGCUCUGCUAUUGU AUA GU G A^ ACUAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Obi-Mir-12521-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGUUAUGUGAACUAAGAUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Obi-Mir-12521-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUUUAGUGCACAUAACUGGCUGA -62
Get sequence
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| Variant | Obi-Mir-12521-v3 |
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| Seed | AUUUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAGAAGAUUAGAGUACAAUUCCGAUCGUUAGCUGGUUAUGUGAACUAAGAUUCAUUUCCUUAUCAAAUAUUUAGUGCACAUAACUGGCUGAUGAAUAGAAUUUGUUAUCGUCUCGGAAAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAAGAAGAUUAGAGUAC-- CGA UG A -| CAUUUC AAUUC UCGUUAGC GUUAUGUG ACUAAG AUU \ UUAAG AGUAGUCG CAAUACAC UGAUUU UAA C CUAAAGGCUCUGCUAUUGU AUA GU G A^ ACUAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Obi-Mir-12521-v3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGUUAUGUGAACUAAGAUUC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Obi-Mir-12521-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAUUUAGUGCACAUAACUGGCUGA -62
Get sequence
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