| MirGeneDB ID | Neu-Mir-7254 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-7254 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tammar Wallaby (Notamacropus eugenii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Mdo-Mir-7254-v1 Sha-Mir-7254-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028372415.1_mMacEug1.pri) |
CM051813.1: 428035357-428035417 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7254-v1) |
Mir-7254-v2
CM051813.1: 428035356-428035418 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-7254-v1 CM051813.1: 428035357-428035417 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Neu-Mir-7254-v1 |
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| Seed | CACCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCCUGAUGCGCGAUGAUGUCAUUCCCAUAUCACCACCUCCUUGAAUCCUGUUCUAAUGUGAGUGAUGCAGAGUUCAGGGUGGAUGUGGCCUGGGAUUGAACAGGUGAGCUUCUAUGGCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCCUGAUGCGCGAUGA- -| U UA CA U UC UCUAAUG UG UCA UCCCA UCAC CC CCUUGAA CUGU \ AC AGU AGGGU GGUG GG GGGACUU GACG U ACCGGUAUCUUCGAGUGG A^ U CC UA U GA UAGUGAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Neu-Mir-7254-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCACCACCUCCUUGAAUCCUGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Neu-Mir-7254-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AGAGUUCAGGGUGGAUGUGGCC -61
Get sequence
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| Variant | Neu-Mir-7254-v2 |
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| Seed | UCACCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCCUGAUGCGCGAUGAUGUCAUUCCCAUAUCACCACCUCCUUGAAUCCUGUUCUAAUGUGAGUGAUGCAGAGUUCAGGGUGGAUGUGGCCUGGGAUUGAACAGGUGAGCUUCUAUGGCCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGCCUGAUGCGCGAUGA- -| U UA CA U UC UCUAAUG UG UCA UCCCA UCAC CC CCUUGAA CUGU \ AC AGU AGGGU GGUG GG GGGACUU GACG U GACCGGUAUCUUCGAGUGG A^ U CC UA U GA UAGUGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Neu-Mir-7254-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUCACCACCUCCUUGAAUCCUGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Neu-Mir-7254-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AGAGUUCAGGGUGGAUGUGGCCU -63
Get sequence
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