| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-7254 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-7254 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-7254 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Neu-Mir-7254-v1 Sha-Mir-7254-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
1: 398141671-398141731 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7254-v1) |
Mir-7254-v2
1: 398141670-398141732 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-7254-v1 1: 398141671-398141731 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mdo-Mir-7254-v1 |
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| Seed | CACCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCCUGAUGCGCGAUGAUGUCAUUCCCAUAUCACCACCUCCUUGAAUCCUGUUCUAAUGUGAGUGAUGCAGAGUUCAGGGUGGAUGUGGCCUGGGAUUGAACAGGUGAGCUUCUAUGGCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCCUGAUGCGCGAUGA- -| U UA CA U UC UCUAAUG UG UCA UCCCA UCAC CC CCUUGAA CUGU \ AC AGU AGGGU GGUG GG GGGACUU GACG U ACCGGUAUCUUCGAGUGG A^ U CC UA U GA UAGUGAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-7254-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0028474 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCACCACCUCCUUGAAUCCUGU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7254-5p |
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| Star sequence | Mdo-Mir-7254-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0028475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AGAGUUCAGGGUGGAUGUGGCC -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7254-3p |
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| Variant | Mdo-Mir-7254-v2 |
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| Seed | UCACCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCCUGAUGCGCGAUGAUGUCAUUCCCAUAUCACCACCUCCUUGAAUCCUGUUCUAAUGUGAGUGAUGCAGAGUUCAGGGUGGAUGUGGCCUGGGAUUGAACAGGUGAGCUUCUAUGGCCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGCCUGAUGCGCGAUGA- -| U UA CA U UC UCUAAUG UG UCA UCCCA UCAC CC CCUUGAA CUGU \ AC AGU AGGGU GGUG GG GGGACUU GACG U GACCGGUAUCUUCGAGUGG A^ U CC UA U GA UAGUGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-7254-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0028474 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUCACCACCUCCUUGAAUCCUGU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7254-5p |
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| Star sequence | Mdo-Mir-7254-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0028475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AGAGUUCAGGGUGGAUGUGGCCU -63
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7254-3p |
