| MirGeneDB ID | Neu-Mir-12475-o1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12475 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tammar Wallaby (Notamacropus eugenii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Neu-Mir-12475-o1b Neu-Mir-12475-o2 Neu-Mir-12475-o3 Neu-Mir-12475-o4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Sha-Mir-12475-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | N. eugenii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Australidelphia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028372415.1_mMacEug1.pri) |
CM051820.1: 94978259-94978318 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12475-o1a) |
Novel-2
CM051820.1: 94966100-94966159 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-12475-o1a CM051820.1: 94978259-94978318 [+] UCSC Ensembl Mir-12475-o1b CM051820.1: 94987478-94987537 [+] UCSC Ensembl Mir-12475-o3 CM051820.1: 94990246-94990306 [+] UCSC Ensembl Mir-12475-o2 CM051820.1: 95012989-95013048 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | CACCUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCUGCAUUUUUAGCUUCUGAGGUCCCACUACACCUUCUGAAGACACAUUGUUCUGUGACUGUUCAAACAAUGUGUCUCAGAUGGGCAGUGGUGCCUUAGAAUCCUCCUCAUUUUCUUCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGCUGCAUUUUUAGCUU---| UC ACA U A CUGUGA CUGAGG CCACU CC UCUGA GACACAUUGUU \ GAUUCC GGUGA GG AGACU CUGUGUAACAA C CCUUCUUUUACUCCUCCUAA^ GU CG- U - ACUUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Neu-Mir-12475-o1a_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACACCUUCUGAAGACACAUUGUU -23
Get sequence
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| Star sequence | Neu-Mir-12475-o1a_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAAUGUGUCUCAGAUGGGCAGU -60
Get sequence
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