| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-582 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-582-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-582 Eca-Mir-582 Ocu-Mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr13: 109324754-109324811 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-582-v2) |
Mir-582-v1
chr13: 109324753-109324812 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-582-v2 chr13: 109324754-109324811 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mmu-Mir-582-v2 |
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| Seed | AACCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUCUCCCUCGUAAUCUGUACUCUUUGGAUACAGUUGUUCAACCAGUUACUAAUCUAACUAAUUGUAACCUGUUGAACAACUGAACCCAAAGGGUGCAAAGUUGGAAGCAUUUCAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAAUCUCCCUCGUAAUC--| AUA CA UAAUCU UGUACUCUUUGG CAGUUGUUCAAC GUUAC A ACGUGGGAAACC GUCAACAAGUUG CAAUG A UUACUUUACGAAGGUUGAA^ CAA UC UUAAUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-582-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0005291 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACAGUUGUUCAACCAGUUACU -22
Get sequence
|
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005291 TargetScanVert: mmu-miR-582-5p miRDB: MIMAT0005291 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-582-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0005292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAACCUGUUGAACAACUGAACC -58
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005292 TargetScanVert: mmu-miR-582-3p miRDB: MIMAT0005292 |
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| Variant | Mmu-Mir-582-v1 |
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| Seed | UACAGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAAUCUCCCUCGUAAUCUGUACUCUUUGGAUACAGUUGUUCAACCAGUUACUAAUCUAACUAAUUGUAACCUGUUGAACAACUGAACCCAAAGGGUGCAAAGUUGGAAGCAUUUCAUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCAAUCUCCCUCGUAAUC--| AUA CA UAAUCU UGUACUCUUUGG CAGUUGUUCAAC GUUAC A ACGUGGGAAACC GUCAACAAGUUG CAAUG A GUUACUUUACGAAGGUUGAA^ CAA UC UUAAUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-582-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0005291 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUACAGUUGUUCAACCAGUUAC -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005291 TargetScanVert: mmu-miR-582-5p miRDB: MIMAT0005291 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-582-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0005292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AACCUGUUGAACAACUGAACCC -60
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005292 TargetScanVert: mmu-miR-582-3p miRDB: MIMAT0005292 |
