MirGeneDB ID | Mmu-Mir-3093 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3093 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGGACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-3093 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr3: 88215186-88215247 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3093) |
Mir-3093
chr3: 88215186-88215247 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-9-P3 chr3: 88215613-88215674 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCGGAGCAGCUCUGCGAGCUCGGCUCUGCCGCACCCCGCGGAGCUCACACUCGACCUUCCAGAGAAGGGUGUGGACACCGUGGGAGGUUGGGGAGGCCUCGGCCUAGGCUUCUGCGGUCUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCGGAGCAGCUCUGCGA C- U G --| AC AGC CGACCUU GCU GGC CU CC GC CCCGCGG UCACACU C CGG CCG GA GG UG GGGUGCC GGUGUGG C UUCUGGCGUCUUCGGAUC CU - G GU^ GA ACA GAAGAGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mmu-Mir-3093_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0014907 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGCACCCCGCGGAGCUCACACU -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-3093-5p miRDB: MIMAT0014907 |
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Mature sequence | Mmu-Mir-3093_3p |
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mirBase accession | MIMAT0014908 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UGUGGACACCGUGGGAGGUUGG -62
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-3093-3p miRDB: MIMAT0014908 |