| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-298 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-298 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-298 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Rno-Mir-298 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Muridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Muridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr2: 174267511-174267575 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-298) |
Mir-296
chr2: 174267058-174267113 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-298 chr2: 174267511-174267575 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GCAGAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACCAAGAGGCAUAAGAGGCCCAGGCCUUUGGCAGAGGAGGGCUGUUCUUCCCUUGAGUUUUAUGACUGGGAGGAACUAGCCUUCUCUCAGCUUAGGAGUGGGCCAACAGCUUCCUUCCGAUCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CACCAAGAGGCAUAAGA--- GG UU A - -| UUGAGUU GGCCCA CCU GGC GAG GAGGGCU GUUCUUCCC \ CCGGGU GGA UCG CUC CUUCCGA CAAGGAGGG U CUCUAGCCUUCCUUCGACAA GA U- A U U^ UCAGUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-298_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000376 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGCAGAGGAGGGCUGUUCUUCCC -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000376 TargetScanVert: mmu-miR-298-5p miRDB: MIMAT0000376 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-298_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0017007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- GAGGAACUAGCCUUCUCUCAGCUUA -65
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-298-3p miRDB: MIMAT0017007 |
