| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-1941 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1941 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-1941 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr15: 101369363-101369423 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1941-v1) |
Mir-1941-v1
chr15: 101369363-101369423 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1941-v2 chr15: 101369364-101369422 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mmu-Mir-1941-v1 |
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| Seed | AGGGAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGGAUGAAUGGGGAAAGCCAGCAGGGUGGGAGGGAGAUGCUGGUACAGAGGCUUGGGGUUUUGAGGGCAUCUUAGCAGUAUCUCCCAUCCACCCACCUGGGCAGAAGUCAGCAGGCCACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGGAUGAAUGGGGAAAG--| CA GA G C G UGGGG CCAG GGGUGG GGGAGAUGCUG UA AGA GCU U GGUC CCCACC CCCUCUAUGAC AU UCU CGG U ACACCGGACGACUGAAGACG^ CA UA G - A GAGUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-1941-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009405 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAGGGAGAUGCUGGUACAGAGGCU -24
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0009405 TargetScanVert: mmu-miR-1941-5p miRDB: MIMAT0009405 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-1941-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0009406 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUCUUAGCAGUAUCUCCCAUCC -61
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0009406 TargetScanVert: mmu-miR-1941-3p miRDB: MIMAT0009406 |
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| Variant | Mmu-Mir-1941-v2 |
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| Seed | GGGAGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGGAUGAAUGGGGAAAGCCAGCAGGGUGGGAGGGAGAUGCUGGUACAGAGGCUUGGGGUUUUGAGGGCAUCUUAGCAGUAUCUCCCAUCCACCCACCUGGGCAGAAGUCAGCAGGCCACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGGAUGAAUGGGGAAAG--| CA GA G C G GGGG CCAG GGGUGG GGGAGAUGCUG UA AGA GCUU U GGUC CCCACC CCCUCUAUGAC AU UCU CGGG U CACCGGACGACUGAAGACG^ CA UA G - A AGUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-1941-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009405 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGAGAUGCUGGUACAGAGGCUU -24
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0009405 TargetScanVert: mmu-miR-1941-5p miRDB: MIMAT0009405 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-1941-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0009406 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAUCUUAGCAGUAUCUCCCAUC -59
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0009406 TargetScanVert: mmu-miR-1941-3p miRDB: MIMAT0009406 |
