| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-7398-P9a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-7398 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-7398l | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-7398-P1 Mdo-Mir-7398-P2 Mdo-Mir-7398-P3 Mdo-Mir-7398-P4 Mdo-Mir-7398-P5a Mdo-Mir-7398-P5b Mdo-Mir-7398-P5c Mdo-Mir-7398-P5d Mdo-Mir-7398-P9b Mdo-Mir-7398-P11 Mdo-Mir-7398-P12 Mdo-Mir-7398-P13 Mdo-Mir-7398-P14a Mdo-Mir-7398-P14b Mdo-Mir-7398-P15 Mdo-Mir-7398-P16 Mdo-Mir-7398-P17 Mdo-Mir-7398-P18 Mdo-Mir-7398-P19 Mdo-Mir-7398-P20 Mdo-Mir-7398-P21 Mdo-Mir-7398-P22 Mdo-Mir-7398-P23a Mdo-Mir-7398-P23b Mdo-Mir-7398-P24a Mdo-Mir-7398-P24b Mdo-Mir-7398-P25 Mdo-Mir-7398-P26 Mdo-Mir-7398-P28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Sha-Mir-7398-o9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. domestica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
X: 57286821-57286879 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7398-P9a-v1) |
Mir-7398-P1
X: 57276306-57276364 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-7398-P2 X: 57279275-57279333 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P3 X: 57282764-57282822 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P4 X: 57283471-57283530 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P5a X: 57284128-57284188 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P5b X: 57284809-57284869 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P5c X: 57285473-57285533 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P5d X: 57286131-57286191 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P9a-v2 X: 57286820-57286880 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P9a-v1 X: 57286821-57286879 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P9b X: 57287463-57287521 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P11 X: 57288057-57288117 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P12 X: 57288723-57288783 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P13 X: 57289402-57289462 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P14b X: 57291703-57291761 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P15 X: 57292644-57292702 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P14a X: 57293442-57293500 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P16 X: 57293921-57293979 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P17 X: 57294562-57294624 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P18 X: 57296466-57296526 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P19 X: 57297040-57297098 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P20 X: 57297721-57297779 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P21 X: 57298336-57298390 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P22 X: 57301459-57301516 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P23a X: 57306266-57306324 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P24a X: 57307981-57308039 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P25 X: 57311982-57312040 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P26 X: 57314588-57314647 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P24b X: 57315817-57315874 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P28 X: 57318976-57319034 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P23b X: 57321995-57322057 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Mdo-Mir-7398-P9a-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUGUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCCUAUCCUUUAACCUCCAGGUGCCCGAUUGUGUAGAGGUAAGAAAUAUGCUGUGUUCUCGCUUGGUAUAUUUCUUGCCUCUACCAAUUGAGCAUCUAGGACUUCGCAGCUGUCCCCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUCCUAUCCUUUAACCU- -| C U UGUGUU CC AGGUGC CGAUUG GUAGAGGUAAGAAAUAUGC C GG UCUACG GUUAAC CAUCUCCGUUCUUUAUAUG U UCCCCUGUCGACGCUUCA A^ A - GUUCGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mdo-Mir-7398-P9a-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0028910 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUGUAGAGGUAAGAAAUAUGC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7398l-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mdo-Mir-7398-P9a-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0028911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUAUUUCUUGCCUCUACCAAU -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7398l-3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Mdo-Mir-7398-P9a-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGUGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUCCUAUCCUUUAACCUCCAGGUGCCCGAUUGUGUAGAGGUAAGAAAUAUGCUGUGUUCUCGCUUGGUAUAUUUCUUGCCUCUACCAAUUGAGCAUCUAGGACUUCGCAGCUGUCCCCUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUCCUAUCCUUUAACC- -| C U UGUGUU UCC AGGUGC CGAUUG GUAGAGGUAAGAAAUAUGC C AGG UCUACG GUUAAC CAUCUCCGUUCUUUAUAUG U GUCCCCUGUCGACGCUUC A^ A - GUUCGC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mdo-Mir-7398-P9a-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0028910 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGUGUAGAGGUAAGAAAUAUGC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7398l-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mdo-Mir-7398-P9a-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0028911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAUAUUUCUUGCCUCUACCAAUU -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7398l-3p |
