| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-7385-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-7385 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-7385a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-7385-P1b Mdo-Mir-7385-P1c Mdo-Mir-7385-P2-v1 Mdo-Mir-7385-P3 Mdo-Mir-7385-P4 Mdo-Mir-7385-P5a Mdo-Mir-7385-P5b Mdo-Mir-7385-P5c Mdo-Mir-7385-P6 Mdo-Mir-7385-P7 Mdo-Mir-7385-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Sha-Mir-7385-o1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. domestica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
X: 4607962-4608023 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7385-P1a) |
Mir-7385-P1a
X: 4607962-4608023 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-7385-P1b X: 4609054-4609115 [+] UCSC Ensembl Mir-7385-P2-v1 X: 4610588-4610649 [+] UCSC Ensembl Mir-7385-P2-v2 X: 4610588-4610649 [+] UCSC Ensembl Mir-7385-P3 X: 4611475-4611536 [+] UCSC Ensembl Mir-7385-P4 X: 4611934-4611995 [+] UCSC Ensembl Mir-7385-P5a X: 4612215-4612273 [+] UCSC Ensembl Mir-7385-P6 X: 4614575-4614633 [+] UCSC Ensembl Mir-7385-P5b X: 4614848-4614909 [+] UCSC Ensembl Mir-7385-P7 X: 4615421-4615479 [+] UCSC Ensembl Mir-7385-P8 X: 4616510-4616572 [+] UCSC Ensembl Mir-7385-P1c X: 4616788-4616846 [+] UCSC Ensembl Mir-7385-P5c X: 4617777-4617835 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AACACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUCAGGGCUCACCAUCCAGGGUCCCAUCCAGGUCGGAUAUUCUGUCUUUCAGUGAUGUUCUAAACCCUGGAACACAGGCUAUCUGACCUAGAAGUGUCCCUUGGCUAGCGACUGUAUUCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACUCAGGGCUCACCAUCC--| UCCCA C UU C GUGAUGU AGGG UC AGGUCGGAUA CUGU UUUCA U UCCC AG UCCAGUCUAU GACA AAGGU C GACUUAUGUCAGCGAUCGGU^ UGUGA A CG C CCCAAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There are Drosha cuts +2 and +3. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-7385-P1a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0028826 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUCGGAUAUUCUGUCUUUCA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7385a-5p |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-7385-P1a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0028827 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- GAACACAGGCUAUCUGACCUAG -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7385a-3p |
