| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-7373-P20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-7373 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-7373c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-7373-P1a Mdo-Mir-7373-P1b Mdo-Mir-7373-P2 Mdo-Mir-7373-P3 Mdo-Mir-7373-P4a Mdo-Mir-7373-P4b Mdo-Mir-7373-P5a Mdo-Mir-7373-P5b Mdo-Mir-7373-P5c Mdo-Mir-7373-P5d Mdo-Mir-7373-P5e Mdo-Mir-7373-P5f Mdo-Mir-7373-P5g Mdo-Mir-7373-P6 Mdo-Mir-7373-P7a Mdo-Mir-7373-P7b Mdo-Mir-7373-P8 Mdo-Mir-7373-P9a Mdo-Mir-7373-P9b Mdo-Mir-7373-P9c Mdo-Mir-7373-P9d Mdo-Mir-7373-P9e Mdo-Mir-7373-P10 Mdo-Mir-7373-P11 Mdo-Mir-7373-P12 Mdo-Mir-7373-P13 Mdo-Mir-7373-P14 Mdo-Mir-7373-P15 Mdo-Mir-7373-P16 Mdo-Mir-7373-P17 Mdo-Mir-7373-P18 Mdo-Mir-7373-P19 Mdo-Mir-7373-P20-v1 Mdo-Mir-7373-P21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Neu-Mir-7373 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. domestica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
X: 44688608-44688663 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7373-P20-v2) |
Mir-7373-P1b
X: 44665891-44665948 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-7373-P1a X: 44666176-44666233 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P2 X: 44667557-44667611 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P3 X: 44670461-44670515 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P4a X: 44673401-44673457 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P5a X: 44673685-44673741 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P5b X: 44673969-44674025 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P6 X: 44674254-44674310 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P7a X: 44674536-44674592 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P7b X: 44674818-44674874 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P8 X: 44675103-44675159 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P9a X: 44675388-44675444 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P9b X: 44675670-44675726 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P10 X: 44675952-44676008 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P9c X: 44676254-44676310 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P11 X: 44676538-44676594 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P12 X: 44676823-44676879 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P5c X: 44677107-44677163 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P5d X: 44677391-44677447 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P5e X: 44677676-44677732 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P9d X: 44677961-44678017 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P4b X: 44678245-44678301 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P5f X: 44678526-44678582 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P5g X: 44678810-44678866 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P13 X: 44679374-44679430 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P14 X: 44679658-44679714 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P9e X: 44679943-44679999 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P15 X: 44680228-44680284 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P16 X: 44682076-44682130 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P17 X: 44686440-44686494 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P18 X: 44687808-44687862 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P19 X: 44688087-44688149 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P20-v1 X: 44688608-44688663 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P20-v2 X: 44688608-44688663 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-P21 X: 44689543-44689601 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Mdo-Mir-7373-P20-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUGACUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAAAAGGAUGCCCUGGGAGAUGGCGGGGCAAGCCCUUUUAUUAAUCAUCUGCGUGAUCUUACUCAGUGACUAAUAAAGAGCUUGCUUCUUCAUCUCACAGCACAAUGCCCUUCAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGAAAAGGAUGCCCUGG--| C CC A U CGUGA GAGAUGG GGGGCAAGC UUUUAUUA UCA CUG U CUCUACU CUUCGUUCG GAAAUAAU AGU GAC C GACUUCCCGUAACACGACA^ U A- C - UCAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mdo-Mir-7373-P20-v2_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0028804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGCCCUUUUAUUAAUCAUCUGC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7373c-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mdo-Mir-7373-P20-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0028805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AGUGACUAAUAAAGAGCUUGC -56
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7373c-3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Mdo-Mir-7373-P20-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUGACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAAAAGGAUGCCCUGGGAGAUGGCGGGGCAAGCCCUUUUAUUAAUCAUCUGCGUGAUCUUACUCAGUGACUAAUAAAGAGCUUGCUUCUUCAUCUCACAGCACAAUGCCCUUCAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGAAAAGGAUGCCCUGG--| C CC A U C UGA GAGAUGG GGGGCAAGC UUUUAUUA UCA CUG G U CUCUACU CUUCGUUCG GAAAUAAU AGU GAC C C GACUUCCCGUAACACGACA^ U A- C - U AUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mdo-Mir-7373-P20-v1_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0028804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGCCCUUUUAUUAAUCAUCUGCG -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7373c-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mdo-Mir-7373-P20-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0028805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- CAGUGACUAAUAAAGAGCUUGC -56
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7373c-3p |
