MirGeneDB ID | Lpo-Mir-3931-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3931 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lpo-Mir-3931-P1 Lpo-Mir-3931-P2 Lpo-Mir-3931-P3 Lpo-Mir-3931-P5 Lpo-Mir-3931-P6 Lpo-Mir-3931-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Isc-Mir-3931 Tur-Mir-3931 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chelicerata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013674342.1: 28045-28106 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACUUUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUGAAGAGCGUCCAGCGUGGUUUAGGGGCGGUUUGUACCGAUUCAGGGCAAAGUUCGUUAAAGGUAACUACUUUGAGUCGGUACGAAUCACUUCAGCCGCGACUUUUCGUCGAGAUGAAAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUGAAGAGCGUCCAGC----| UA C CAA UCGUU GUGGUU GGGG GGUUUGUACCGAUUCAGGG AGU A CGCCGA CUUC CUAAGCAUGGCUGAGUUUC UCA A AAAAGUAGAGCUGCUUUUCAG^ -- A A-- AUGGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Lpo-Mir-3931-P4_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGUUUGUACCGAUUCAGGGCAAAGU -25
Get sequence
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Mature sequence | Lpo-Mir-3931-P4_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UACUUUGAGUCGGUACGAAUCAC -62
Get sequence
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