| MirGeneDB ID | Loc-Novel-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LOC-NOVEL-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. oculatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | L. oculatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG10: 2472995-2473051 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-2) |
Novel-2
LG10: 2472995-2473051 [-]
Ensembl
Mir-24-P1 LG10: 2473205-2473264 [-] Ensembl Mir-27-P1 LG10: 2475632-2475694 [-] Ensembl Mir-23-P1 LG10: 2478694-2478751 [-] Ensembl |
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| Seed | UAUGGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUGAUUUAAGUACUGAAGUGGAAUGUUGGUGGAACACUGCUUCUGUCAUUUGUCCUUUCAGCAGAUUAUGGGAGCAGAGUUUUUCCAAACCAUUGCCUCCAGGAAACAUCUUUUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGUGAUUUAAGUACUGA-----| AAUG UG A C UGUCCU AGUGG UUGG GAAC CUGCUUCUGU AUU \ UUACC AACC UUUG GACGAGGGUA UAG U ACUUUUCUACAAAGGACCUCCG^ A--- UU A U ACGACU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Novel-2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAACACUGCUUCUGUCAUU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Novel-2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UUAUGGGAGCAGAGUUUUUCC -57
Get sequence
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