| MirGeneDB ID | Loc-Mir-724 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-724 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Neopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG3: 32539804-32539864 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-724-v1) |
Mir-724-v1
LG3: 32539804-32539864 [+]
Ensembl
Mir-724-v2 LG3: 32539805-32539863 [+] Ensembl |
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| Variant | Loc-Mir-724-v1 |
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| Seed | UAAAGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGGGCCGUGACAUCCCAGCAGACUGGAUUUAAAGGGAAUUUGCGACUGUUGGUAAAACCAUUAGGACAGCCACACCUUCCUUUUAAGAUCUUGUCUGCUGCUCUAUCGUGCCCUGUUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCAGGGCCGUGACAUCC-- U -| UU CGA GGUAAA CAGCAGAC GGAUU UAAAGGGAA UG CUGUU A GUCGUCUG UCUAG AUUUUCCUU AC GACAG C UCUUGUCCCGUGCUAUCUC U A^ CC ACC GAUUAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Loc-Mir-724-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAAAGGGAAUUUGCGACUGUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Loc-Mir-724-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGCCACACCUUCCUUUUAAGAU -61
Get sequence
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| Variant | Loc-Mir-724-v2 |
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| Seed | AAAGGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGGGCCGUGACAUCCCAGCAGACUGGAUUUAAAGGGAAUUUGCGACUGUUGGUAAAACCAUUAGGACAGCCACACCUUCCUUUUAAGAUCUUGUCUGCUGCUCUAUCGUGCCCUGUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGGGCCGUGACAUCCC-- U -| UU CGA GGUAAA AGCAGAC GGAUU UAAAGGGAA UG CUGUU A UCGUCUG UCUAG AUUUUCCUU AC GACAG C CUUGUCCCGUGCUAUCUCG U A^ CC ACC GAUUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Loc-Mir-724-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGGGAAUUUGCGACUGUUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Loc-Mir-724-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACAGCCACACCUUCCUUUUAAGA -59
Get sequence
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