| MirGeneDB ID | Llo-Novel-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LLO-NOVEL-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bootlace worm (Lineus longissimus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lineidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lineidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_910592395.2_tnLinLong1) |
OU342993.1: 9863718-9863780 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-2-v1) |
Novel-2-v1
OU342993.1: 9863718-9863780 [-]
Ensembl
Novel-2-v2 OU342993.1: 9863719-9863779 [-] Ensembl |
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| Variant | Llo-Novel-2-v1 |
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| Seed | GGACUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUGACGUCUAACGAGUAUCUUUGUCACUCCCACUGCAGAAUGUAUGUCCCACAUGGCGAAUUAUAAAGUGUGGACUAUGUUCUACAAUGAGGGCGAUAGGGGCUGAAACAACAAAACCGCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUGACGUCUAACGAGUA--| A C C C U - AUGGCGA UCUUUGUC CUC CA UG AGAAUGUA GUCC CAC \ GGGGAUAG GGG GU AC UCUUGUAU CAGG GUG A ACCGCCAAAACAACAAAGUC^ C A A A - U AAAUAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Llo-Novel-2-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCACUGCAGAAUGUAUGUCCCACA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Llo-Novel-2-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UGGACUAUGUUCUACAAUGAGG -63
Get sequence
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| Variant | Llo-Novel-2-v2 |
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| Seed | ACUGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGACGUCUAACGAGUAUCUUUGUCACUCCCACUGCAGAAUGUAUGUCCCACAUGGCGAAUUAUAAAGUGUGGACUAUGUUCUACAAUGAGGGCGAUAGGGGCUGAAACAACAAAACCGCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUGACGUCUAACGAGUA--| A C C C U - AUGGCGA UCUUUGUC CUC CA UG AGAAUGUA GUCC CAC \ GGGGAUAG GGG GU AC UCUUGUAU CAGG GUG A CCGCCAAAACAACAAAGUC^ C A A A - U AAAUAUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Llo-Novel-2-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CACUGCAGAAUGUAUGUCCCACAU -24
Get sequence
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| Star sequence | Llo-Novel-2-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GUGGACUAUGUUCUACAAUGAG -61
Get sequence
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