| MirGeneDB ID | Llo-Novel-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LLO-NOVEL-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bootlace worm (Lineus longissimus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lineidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lineidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_910592395.2_tnLinLong1) |
OU342993.1: 7380440-7380501 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-1-v1) |
Novel-1-v1
OU342993.1: 7380440-7380501 [+]
Ensembl
Novel-1-v2 OU342993.1: 7380440-7380501 [+] Ensembl |
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| Variant | Llo-Novel-1-v1 |
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| Seed | UGACCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUUGAAUUGACCUGGGACAAGUUGUUAGUGUCCUAUAGCUUUGUGUGAGGGAAGGGUAAAGGAAUGCUGCCUGACCAUAGCUAUAGGAUGUUCGCGUCUGGUCCUUUCAUCACAGGUUUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUUGAAUUGACCUGGG--| A U U UG U U G GAAGGGUAA AC AG UGU AG UCCUAUAGCU UG GU AGG \ UG UC GCG UU AGGAUAUCGA AC CA UCC A ACUUUGGACACUACUUUCC^ G U C GU U - G GUCGUAAGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Llo-Novel-1-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUCCUAUAGCUUUGUGUGAGGG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Llo-Novel-1-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CUGACCAUAGCUAUAGGAUGU -62
Get sequence
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| Variant | Llo-Novel-1-v2 |
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| Seed | CUGACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUUGAAUUGACCUGGGACAAGUUGUUAGUGUCCUAUAGCUUUGUGUGAGGGAAGGGUAAAGGAAUGCUGCCUGACCAUAGCUAUAGGAUGUUCGCGUCUGGUCCUUUCAUCACAGGUUUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUUGAAUUGACCUGGG--| A U U UG U U G GAAGGGUAA AC AG UGU AG UCCUAUAGCU UG GU AGG \ UG UC GCG UU AGGAUAUCGA AC CA UCC A ACUUUGGACACUACUUUCC^ G U C GU U - G GUCGUAAGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Llo-Novel-1-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUCCUAUAGCUUUGUGUGAGGGA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Llo-Novel-1-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CCUGACCAUAGCUAUAGGAUGU -62
Get sequence
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