| MirGeneDB ID | Lgi-Novel-2-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LGI-NOVEL-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lgi-Novel-2-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. gigantea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | L. gigantea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_95: 478396-478454 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-2-P1) |
Novel-2-P1
LOTGIsca_95: 478396-478454 [+]
Ensembl
Novel-2-P2 LOTGIsca_95: 480768-480826 [+] Ensembl |
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| Seed | CCACUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGUAACUGGGCUAAUAUUAGAGACCGGAAGUUGGAAGUUCACAUGGAUGUAGCCAUAUAGAACAGCUCCACUCAUGUGCACUUCCAGGUUUCUGGCUCGAAAAUCAACAAAGUGAGGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGUAACUGGGCUAAUAUUA--| A - G U GA U CAUAU GAG CCGGA A UUGGAAGU CACAUG UG AGC \ CUC GGUCU U GACCUUCA GUGUAC AC UCG A GAGGAGUGAAACAACUAAAAG^ - U G C UC C ACAAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Lgi-Novel-2-P1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGGAAGUUCACAUGGAUGUAGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Lgi-Novel-2-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UCCACUCAUGUGCACUUCCAGGU -59
Get sequence
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