| MirGeneDB ID | Laf-Mir-140-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-140 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-140-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Pma-Mir-140-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010075.1: 11188766-11188827 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-140-P1-v2) |
Mir-140-P1-v1
GL010075.1: 11188766-11188827 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-140-P1-v2 GL010075.1: 11188766-11188827 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Laf-Mir-140-P1-v2 |
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| Seed | ACCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUGUGUGUGUCUCUCUCUCUGUGUCCUGCCAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGGUUACGUCAUGCUGUUCUACCACAGGGUAGAACCACGGACAGGAUACCGGGGCACCCUCUGCAUCGAAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUGUGUGUGUCUCUCU-- U -| A A UUACGU CUC GUGUCCUG CC GUGGUUUUACCCU UGGUAGG C GGG CAUAGGAC GG CACCAAGAUGGGA ACCAUCU A GGAAGCUACGUCUCCCACG C A^ - C UGUCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-140-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-140-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UACCACAGGGUAGAACCACGGAC -62
Get sequence
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| Variant | Laf-Mir-140-P1-v1 |
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| Seed | CCACAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUGUGUGUGUCUCUCUCUCUGUGUCCUGCCAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGGUUACGUCAUGCUGUUCUACCACAGGGUAGAACCACGGACAGGAUACCGGGGCACCCUCUGCAUCGAAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUGUGUGUGUCUCUCU-- U -| A A GUUACGU CUC GUGUCCUG CC GUGGUUUUACCCU UGGUAG C GGG CAUAGGAC GG CACCAAGAUGGGA ACCAUC A GGAAGCUACGUCUCCCACG C A^ - C UUGUCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-140-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUUUUACCCUAUGGUAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-140-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACCACAGGGUAGAACCACGGAC -62
Get sequence
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