| MirGeneDB ID | Laf-Mir-1271 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1271 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1271 Cfa-Mir-1271 Cpo-Mir-1271 Dno-Mir-1271 Eca-Mir-1271 Ete-Mir-1271 Hsa-Mir-1271 Mml-Mir-1271 Mmu-Mir-1271 Pab-Mir-1271 Rno-Mir-1271 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010028.1: 100492968-100493025 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCCCCUCUGCAUCAGCACCCAGGUCAGUACUUGGCACCUAGCGAGCACUCAGUAAGUACUUGUUGAGUGCCUGCUGUGUCCUAGGCACUGUGCUGAGGGCUUUGGGGGAUCCAGAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUCCCCUCUGCAUCAGCA A- -| A C C A GUAAG CCC GGU CAGU CUUGG AC UAGCG GCACUCA U GGG UCG GUCA GGAUC UG GUCGU CGUGAGU A GAAGACCUAGGGGGUUUC AG U^ C C U C UGUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-1271_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUGGCACCUAGCGAGCACUCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Laf-Mir-1271_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AGUGCCUGCUGUGUCCUAGGCA -58
Get sequence
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