| MirGeneDB ID | Hvu-Novel-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | HVU-NOVEL-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Freshwater-polyp (Hydra vulgaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hvu-Novel-3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | H. vulgaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | H. vulgaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hm105_1.0) |
Sc4wPfr_1174: 5861-5911 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-3-v2) |
Novel-3-v1
Sc4wPfr_1174: 5861-5911 [-]
Novel-3-v2 Sc4wPfr_1174: 5861-5911 [-] |
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| Variant | Hvu-Novel-3-v2 |
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| Seed | UAUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAAAAACUUAAAUUUGCGAAUAAUUUACCUGAUUAUAAUAAAAGCAUAAAUGAAAAGUUUAUGCUUUUGCUAUAUUCAGGUAAAUCAAACAAAAAGCAAUUUAGAAAUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGAAAAACUUAAAUUUGCGAAUA--| U A GA AUUUACCUGA UAUA UAAAAGCAUAAAU \ UAAAUGGACU AUAU GUUUUCGUAUUUG A UAUAAAGAUUUAACGAAAAACAAAC^ U C AA . 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hvu-Novel-3-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAUUAUAAUAAAAGCAUAAAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Hvu-Novel-3-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
29- UUAUGCUUUUGCUAUAUUCAGG -51
Get sequence
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| Variant | Hvu-Novel-3-v1 |
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| Seed | AUGCUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAAAAACUUAAAUUUGCGAAUAAUUUACCUGAUUAUAAUAAAAGCAUAAAUGAAAAGUUUAUGCUUUUGCUAUAUUCAGGUAAAUCAAACAAAAAGCAAUUUAGAAAUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGAAAAACUUAAAUUUGCGAAUA--| U A UGA AUUUACCUGA UAUA UAAAAGCAUAAA \ UAAAUGGACU AUAU GUUUUCGUAUUU A UAUAAAGAUUUAACGAAAAACAAAC^ U C GAA . 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hvu-Novel-3-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAUUAUAAUAAAAGCAUAAA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Hvu-Novel-3-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
30- UAUGCUUUUGCUAUAUUCAGG -51
Get sequence
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