| MirGeneDB ID | Hsa-Mir-873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-873 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Human (Homo sapiens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | hsa-mir-873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hsa-Mir-873-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Laf-Mir-873 Mmr-Mir-873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (hg38) |
chr9: 28888889-28888945 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-873-v2) |
Mir-876-v2
chr9: 28863634-28863696 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-876-v1 chr9: 28863636-28863694 [-] UCSC Ensembl Mir-873-v1 chr9: 28888888-28888946 [-] UCSC Ensembl Mir-873-v2 chr9: 28888889-28888945 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Hsa-Mir-873-v2 |
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| Seed | CAGGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCCUGCUUAGAAUAAGUUUGUGUGCAUUUGCAGGAACUUGUGAGUCUCCUAUUGAAAAUGAACAGGAGACUGAUGAGUUCCCGGGAACACCCACAAAUCUUCCUACUCAUUUCUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUCCUGCUUAGAAUAAG--| UGCAUUUGCA UG G AUUGAA UUUGUG GGAACU U AGUCUCCU \ AAACAC CCUUGA A UCAGAGGA A CAUCUUUACUCAUCCUUCU^ CCACAAGGGC GU G CAAGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Hsa-Mir-873-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0004953 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAGGAACUUGUGAGUCUCCUA -22
Get sequence
|
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004953 TargetScanVert: hsa-miR-873-5p.1 TargetMiner: hsa-miR-873-5p miRDB: MIMAT0004953 |
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| Star sequence | Hsa-Mir-873-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0022717 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- GGAGACUGAUGAGUUCCCGGGA -57
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: hsa-miR-873-3p TargetMiner: hsa-miR-873-3p miRDB: MIMAT0022717 |
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| Variant | Hsa-Mir-873-v1 |
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| Seed | GCAGGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUCCUGCUUAGAAUAAGUUUGUGUGCAUUUGCAGGAACUUGUGAGUCUCCUAUUGAAAAUGAACAGGAGACUGAUGAGUUCCCGGGAACACCCACAAAUCUUCCUACUCAUUUCUACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUUCCUGCUUAGAAUAA--| UGCAUUUGCA UG G AUUGAA GUUUGUG GGAACU U AGUCUCCU \ UAAACAC CCUUGA A UCAGAGGA A UCAUCUUUACUCAUCCUUC^ CCACAAGGGC GU G CAAGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Hsa-Mir-873-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0004953 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCAGGAACUUGUGAGUCUCCU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004953 TargetScanVert: hsa-miR-873-5p.1 TargetMiner: hsa-miR-873-5p miRDB: MIMAT0004953 |
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| Co-mature sequence | Hsa-Mir-873-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0022717 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GAGACUGAUGAGUUCCCGGGAA -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: hsa-miR-873-3p TargetMiner: hsa-miR-873-3p miRDB: MIMAT0022717 |
