| MirGeneDB ID | Gpa-Mir-956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-956 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tsetse fly (Glossina pallidipes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gpa-Mir-956-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GpalI1) |
Scaffold41: 1675605-1675724 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-956-v2) |
Mir-956-v1
Scaffold41: 1675605-1675724 [-]
Ensembl
Mir-956-v2 Scaffold41: 1675605-1675724 [-] Ensembl |
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| Variant | Gpa-Mir-956-v2 |
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| Seed | UCGAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGAUUUAUAUUAUAGAUAUAUUCUUAUCGCGUUUGGAAUGGUCUCGCUAGCUAACGGCUAAAGUUUUGUCAUGACACAGAAAUCCAUUAGAACAUAAUACAUAACAUGGCACCACCUUGAUGAUAGUUUCGAGACCACUCUAAUCACAUGCAAAAUUUUCAAUUAUAUGCAAAUUUUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 UAGAUUUAUAUUAUAGAUAUAUUCUUAUC ----| A CU UAACGGCUAAAGUUUUGUCAUGACACAGAAAUCCAU GCGU UUGGA UGGUCUCG AGC U CGUA AAUCU ACCAGAGC UUG A UAUUUUAAACGUAUAUUAACUUUUAAAA- CACU^ C U- AUAGUAGUUCCACCACGGUACAAUACAUAAUACAAG . 170 160 150 140 130 120 110 100 90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gpa-Mir-956-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUUUGGAAUGGUCUCGCUAGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gpa-Mir-956-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
98- UUCGAGACCACUCUAAUCACAU -120
Get sequence
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| Variant | Gpa-Mir-956-v1 |
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| Seed | UUCGAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGAUUUAUAUUAUAGAUAUAUUCUUAUCGCGUUUGGAAUGGUCUCGCUAGCUAACGGCUAAAGUUUUGUCAUGACACAGAAAUCCAUUAGAACAUAAUACAUAACAUGGCACCACCUUGAUGAUAGUUUCGAGACCACUCUAAUCACAUGCAAAAUUUUCAAUUAUAUGCAAAUUUUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 UAGAUUUAUAUUAUAGAUAUAUUCUUAUC ----| A CU AACGGCUAAAGUUUUGUCAUGACACAGAAAUCCAU GCGU UUGGA UGGUCUCG AGCU U CGUA AAUCU ACCAGAGC UUGA A UAUUUUAAACGUAUAUUAACUUUUAAAA- CACU^ C U- UAGUAGUUCCACCACGGUACAAUACAUAAUACAAG . 170 160 150 140 130 120 110 100 90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gpa-Mir-956-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUUUGGAAUGGUCUCGCUAGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gpa-Mir-956-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
97- UUUCGAGACCACUCUAAUCACAU -120
Get sequence
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