| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-7133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-7133 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-7133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-7133 Mal-Mir-7133 Tni-Mir-7133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_1196: 73701-73762 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGCUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCUCCGAGAUGCCCUCAAGGAAUGGCUCUGAUGCUGAGGUUCAAACUGUAUGUGUGUAUUGGUCCAGUAUAGUUUGAUCCACAGCACAAAGAGCCUUUCCUUAAAAACACAAAAACACACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCCUCCGAGAUGCCCUC-- U GA-| A U GUGUGUA AAGGAA GGCUCU UGCUG GG UCAAACUGUAU \ UUCCUU CCGAGA ACGAC CC AGUUUGAUAUG U ACACACAAAAACACAAAAA U AAC^ A U ACCUGGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-7133_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAUGCUGAGGUUCAAACUGUAU -22
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-7133_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAGUUUGAUCCACAGCACAAAG -62
Get sequence
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