MirGeneDB ID | Esc-Mir-12523 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12523 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Obi-Mir-12523 Ovu-Mir-12523 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (esc-GCA_024364805.1_ASM2436480v1) |
CM044490.1: 24342943-24343002 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGGCGAGGCCACUACAGUUGGUCUAAUUCAGUGGCAUGUGAUGUUCUCUACGUAUCCAUAGUAACGACGAGAACAGUGGAUGUCAUUGAACGAAAUCAACAUGUCACACUUAGAAGAGUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UGGGCGAGGCCACUACA--| CUAA G GA UACGUAUCC GUUGGU UUCAGUGGCAU U UGUUCUC A CAACUA AAGUUACUGUA G ACAAGAG U UGAGAAGAUUCACACUGUA^ AAGC G UG CAGCAAUGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Esc-Mir-12523_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGGCAUGUGAUGUUCUCUAC -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Esc-Mir-12523_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CGAGAACAGUGGAUGUCAUUGA -60
Get sequence
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