MirGeneDB ID | Emu-Mir-2018-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2018 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Muellers freshwater sponge (Ephydatia muelleri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Emu-Mir-2018-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aqu-Mir-2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. muelleri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Demospongiae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_013339895_Emu) |
JABACO010000010.1: 9686640-9686711 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUCGGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGUACUAAAAUCUUAACAAUGAAGCAGUGUGUCGGAGCCGGAGGUUCCGGAACAAAAGAGUUCACAACAAACUCUAUUCCGGACUCUCUGUCGCCGACACACAGGCAUUGUCUAAGCUACGCGCAUGCGCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGUACUAAAAUCUUAA----| AAGCA AGC GU ACAAAAGAGUUC CAAUG GUGUGUCGG CGGAG UCCGGA A GUUAC CACACAGCC GUCUC AGGCCU C UCGCGUACGCGCAUCGAAUCU^ GGA-- GCU UC UAUCUCAAACAA 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | This miRNA family is only known in G3 + G4 demospoonges. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Emu-Mir-2018-P2_5p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUCGGAGCCGGAGGUUCCGGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Emu-Mir-2018-P2_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
50- CGGACUCUCUGUCGCCGACACA -72
Get sequence
|