| MirGeneDB ID | Eca-Mir-505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-505 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | eca-mir-505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Eca-Mir-505-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 115406723-115406781 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-505-v2) |
Mir-505-v1
CM009179.1: 115406723-115406781 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-505-v2 CM009179.1: 115406723-115406781 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Eca-Mir-505-v2 |
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| Seed | GGAGCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGACCGUGGUAAAUUGAUGCACCCAGUGGGGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUUUCUGCCAGUUUAGCGUCAACACUUGCUGGUUUCCUCUCUGGAGCAUCACCAAGUUCGUGGAUUUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGACCGUGGUAAAUUG---| AC U G A UUCUGC AUGC CCAG GGGGGAGCCAG AAGU UUGAUGU \ UACG GGUC CUCCUUUGGUC UUCA AACUGCG C CUUUUAGGUGCUUGAACCAC^ A- U G C AUUUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Eca-Mir-505-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGU -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Eca-Mir-505-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0013229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUCAACACUUGCUGGUUUCCUC -59
Get sequence
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| Variant | Eca-Mir-505-v1 |
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| Seed | GGAGCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGACCGUGGUAAAUUGAUGCACCCAGUGGGGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUUUCUGCCAGUUUAGCGUCAACACUUGCUGGUUUCCUCUCUGGAGCAUCACCAAGUUCGUGGAUUUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGACCGUGGUAAAUUG---| AC U G A UCUGC AUGC CCAG GGGGGAGCCAG AAGU UUGAUGUU \ UACG GGUC CUCCUUUGGUC UUCA AACUGCGA C CUUUUAGGUGCUUGAACCAC^ A- U G C UUUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Eca-Mir-505-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUU -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Eca-Mir-505-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0013229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CGUCAACACUUGCUGGUUUCCUC -59
Get sequence
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