MirGeneDB ID | Ebu-Mir-4542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4542 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Pma-Mir-4542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Cyclostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Cyclostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010059.1: 2027000-2027059 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUAUCACCCCACGUAAAGUGUGCAUGUGACAUGUUCCAUACUGCACUUCUGUGAAGAUGCUAGUCAGCAAGUGCAUUUUGGAAUGUGACAUGUGUACUCUCGUGUUCAACACUAUUGCAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CAUAUCACCCCACGUAA-- U A UAC -| UGAAGA AG GUGCAUGUG CAUGUUCCA UGCACUU CUG \ UC CAUGUGUAC GUGUAAGGU ACGUGAA GAC U ACGUUAUCACAACUUGUGC U A UUU C^ UGAUCG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ebu-Mir-4542_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUGUUCCAUACUGCACUUCUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Ebu-Mir-4542_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GCAAGUGCAUUUUGGAAUGUGAC -60
Get sequence
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