| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-23-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-23-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02009928.1: 2218744-2218804 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P6) |
Mir-27-P6
FYBX02009928.1: 2217985-2218048 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-23-P6 FYBX02009928.1: 2218744-2218804 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUUUGCUUCCUUUUGGGUUGCGUGCGUGUGGGUUCCUGGCACGGUGAUUUGUGUUGUUGUAAUGAAAAUCACAUUGCCAGGGAUUACCACGUGAACGUAGGAUGCUGCAGCACUCGAGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUUUUGCUUCCUUUUGGG-- --| UG CG GUGUUGU UUGCGU GCGUG GGUUCCUGGCA GUGAUUU \ GAUGCA UGCAC UUAGGGACCGU CACUAAA U GAGAGCUCACGACGUCGUAG AG^ CA UA AGUAAUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-23-P6_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGUUCCUGGCACGGUGAUUU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-23-P6_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AUCACAUUGCCAGGGAUUACCAC -61
Get sequence
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